纳豆冻干粉是利用冻干技术，通过纳豆冻干机将含水发酵后的纳豆，经过低温-45℃冷冻成固体，再在真空环境下不经液化直接称呼成气体除去脱水后，再经低温粉碎成纳豆冻干粉。纳豆冻干粉制作流程相对简单，但能极大限度地保留了纳豆中的营养活性物质，增加稳定性，方便在常温下长时间保存，提升纳豆经济价值。
纳豆冻干粉含有纳豆菌、纳豆多肽、纳豆多糖、溶菌酶、纤维素酶、卵磷脂、异黄酮、超氧化物歧化酶（sod）等多种人体需要的营养物质。纳豆冻干粉制作流程是将新鲜纳豆清洗，蒸煮、培养发酵、低温冷冻、真空冷冻干燥、低温粉碎、过筛、称重包装、灭菌、打包等工序。纳豆冻干机是由制冷系统、真空系统、循环系统、电控系统和冻干箱体等组成，用于发酵后的纳豆进行低温冷冻和真空升华干燥的脱水设备。纳豆冻干机的工作原理是基于水相三态：液态、固体、气体在不同温度和真空环境下相互转换和共存，将发酵的纳豆进行低温冷冻成固体，利用升华原理，在50pa左右的真空环境下使纳豆中固体的冰不经过融化直接以水蒸气状态除去，得到含水极少的冻干纳豆，再经过低温粉碎后成粉。
纳豆冻干粉是一直在低温和真空环境下进行加工处理，热敏性营养物质得到保护，低温下酶的生长基本停滞，真空环境氧化反应得到遏制，脱水是通过物理过程，所以能保存纳豆原有营养活性物质，颜色、分子结构、风味等基本不变。经过纳豆冻干机处理加工能提供高价值的纳豆冻干产品。